他们借助高科技装备，避开了严密的监控和巡逻人员。
在基地内部，他们发现了一个隐藏的实验室，里面存放着大量的危险化学物质和生物样本。
柯南通过推理，发现这些样本与黑暗组织正在进行的一项秘密计划有关。
他们小心翼翼地收集证据，准备在合适的时机揭露黑暗组织的阴谋。
这时琴酒从柯南和小哀身后出现了。
琴酒嘴角勾起一抹冷笑，“工藤新一，还有雪莉，你们还真是大胆啊。”
柯南心中一惊，但脸上仍保持镇定，“琴酒，你没想到我们会找到这里吧。”
琴酒缓缓靠近，手中的枪己经握紧，“哼，不管你们发现了什么，今天就是你们的死期。”
小哀躲在柯南身后，身体微微颤抖。
就在琴酒要开枪之际，突然基地内警报声大作。
原来是柯南之前偷偷安置的干扰装置起了作用，趁乱离开了组织。
柯南和小哀在琴酒的掩护之下，回到了阿笠博士家后，发现了不对劲儿的地方，柯南皱着眉头，对小哀说：“事情没那么简单，琴酒怎么会轻易放我们走，还掩护我们？
这一定是个陷阱。”
小哀也一脸担忧地点点头。
此时，电视新闻播报一则消息，原来黑暗组织一首在研发一种可以控制全人类思维的药物，而这种药物一旦研制成功，就需要找实验对象测试效果。
琴酒知道柯南和小哀身份特殊，如果将计就计利用他们做诱饵引出更多反对组织的势力，再把他们抓回去做实验品是一举两得之事。
柯南恍然大悟，“难怪他当时没有下杀手，我们必须主动出击才行。”
于是柯南联系了FBI探员赤井秀一，一起商量对策应对即将到来的危机。
他们决定伪装成被控制者，反向打入黑暗组织内部，寻找机会破坏这项邪恶的计划并彻底摧毁黑暗组织。
这时琴酒突然出现在他们身边，说我不是为了黑暗组织的计划，而是为了联邦调查局！
这时柯南和小哀震惊的眼睛都成豆豆眼了，柯南和小哀结结巴巴的说什么！
你居然是为了联邦调查局，那你是联邦调查局的人？
琴酒说到我是联邦调查局的创造者，柯南先反应过来，说到你是联邦调查局的创造者，这是真的假的，琴酒说我没骗你，我骗你有什么意义，琴酒说完这句话就要回黑暗组织了！
柯南和琴酒说我会在六天后捣毁黑暗组织，你会帮我的对吧！
琴酒说我会安排人手帮忙捣毁黑暗组织。
琴酒说完之后就头也不回的走了！
小哀皱起眉头，看向柯南问道：“柯南，你为什么相信琴酒说的话？
他可是黑暗组织的成员，谁知道这是不是另一个阴谋？”
柯南抱了抱小哀，目光坚定地说：“小哀，我观察过他的眼神，那里面有一种决心，而且如果他真的是FBI的创立者，他肯定希望黑暗组织覆灭。”
小哀还是满脸怀疑，“但是这一切发生得太突然了，也许他只是想稳住我们。”
柯南沉思片刻后说道：“不管怎样，我们目前只能按照这个方向行动。
不过为防万一，我们也要做好其他准备。”
正在这时，柯南的手机响了起来，是阿笠博士打来的。
博士焦急地说：“新一，我发现了一些关于那种控制思维药物的新线索，你们快回来。”
柯南和小哀对视一眼，立刻往阿笠博士家赶去。
路上，小哀小声嘀咕：“希望这次不会又是琴酒设下的圈套。”
柯南握紧拳头：“放心吧，小哀，不管前面是什么危险，我们都要阻止黑暗组织的疯狂计划。”